港澳通行證簽注種類分別如下：

個人旅游G

分為三個月或一年，一次、兩次或多次(僅限深圳戶籍辦理進入香港，有效期為一年)進入有效，每次可逗留七天，申請地域限制在香港入境處公布的廣東省全省21個地級市及其他省28個地級市，目前為止開放的個人旅游，直通香港的城市包括廣東省全省及28個城市的居民，可以申請自由行到港澳，多次進入簽注暫時僅簽發給深圳戶口居民。

團隊旅游L

分為三個月一次或兩次，一年一次或兩次，每次逗留不超過七天，須隨團出入境(如需個人游，可以抵達深圳口岸購買送關服務過關，所有口岸都通行)。

探親T

分為三個月一次有效，每次可逗留14天或三個月多次有效，逗留不超過自首次進入之日起90天。

商務S

分為三個月一次或多次有效、一年多次有效，每次逗留不超過七天。

別的Q

三個月一次或兩次有效，一年一次或兩次，每次逗留不超過十四天。

逗留D

多次有效，出境有效期根據香港或者澳門有關部門批準的期限簽發。

已停簽種類

1.奧運A：多次有效，每次入境可逗留90天，僅在2008北京奧運期間簽發。

2.訪問F：為新版“個人旅游G”簽注的前身，功能及申請地域限制和新版G簽注一樣，手續較旅游L簽注簡單，已于2007年更換為“個人旅游G”簽注。

3.旅游L：為新版“團隊旅游L”簽注的前身，功能和新版L簽注一樣，申請時通常需提供旅行社文件，已于2007年更換為“團隊旅游L”簽注。